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丝叶狸藻的基因组

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丝叶狸藻的基因组
科学家在2013年完成了对丝叶狸藻基因组的测序工程。其基因组只含有8千2百万个碱基对,这相对于其他多细胞植物来说极为短小。然而基因组容纳了整整2万8500个基因,这数量比基因组大得多的其他植物还要多。相比其他植物来说,丝叶狸藻基因组含有的非编码DNA非常少。丝叶狸藻只有3%的DNA非基因,而相比之下,人类的DNA有98.5%是非编码DNA。大部分开花植物的基因主要是以反转录转座子组成的,但丝叶狸藻只有2.5%的DNA是反转录转座子。该发现可能预示着非编码DNA(俗称垃圾DNA)并不是生物必须的。参与这项研究的维克多·艾伯特(Victor Albert)表示:“至少对于一种植物而言,垃圾DNA真的只是垃圾,它不是必须的。”研究基因组大小演变的T·莱恩·格雷戈里(T. Ryan Gregory)说:“这项研究进一步质疑了基因生物学对于大部分或所有DNA序列功能假定的简单化解释,却忽略了动植物间基因组大小的巨大差异。”
丝叶狸藻与番茄在大约8千7百万年前从两者的共同祖先分离开来。之后这两种植物都经历了全基因组复制(WGD),使其DNA组倍增。丝叶狸藻的基因组至少经过三次增大。后来大部分无用的DNA都已消失了,但番茄并未如此,以致其基因组大小只有番茄的十分之一。
与拟南芥相比,丝叶狸藻每个基因的内含子都较少,且其启动子的保守顺式转录调控元件也被压缩。最关键的基因都回到了单拷贝的状态。但丝叶狸藻的线粒体及叶绿体基因组并未出现类似其他被子植物的压缩。核DNA通过大量的微缺失及一些大型的重组缺失进行压缩。据推测,在“马虎”的基因重组过程中,无用的序列随着时间的推移会被逐渐剔除。丝叶狸藻整个核基因组存在大量GC序列,其被认为已建立起了一种倾向于缺失的分子机制,但这并不排除存在导致保持该缺失的选择压力。节约能源或节约磷素的选择压力可能导致丝叶狸藻减少其核基因组大小。丝叶狸藻形成捕虫囊是由于环境缺磷而非缺氮,所以磷利用率的高低决定了在环境中的优势与否。先前已有证据说明更大的环境诱变量下会增加突变率,从而增加自然选择中缺失不必要的DNA的可能性,但没有证据说明该现象存在于丝叶狸藻及拟南芥的相对突变多样性中。
科学家猜想,基因重组过程导致无用的基因内容随时间而被剔除。
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